Doktorský obor filosofie je elitním stupněm studia zaměřeného na samostatnou badatelskou práci. Nejde o pouhé pokračování magisterského programu, ale o samostatné vyšší studium, jehož absolvováním se student kvalifikuje pro vědeckou práci v oboru filosofie v domácím i mezinárodním kontextu.
Zásadním výstupem studia je disertační práce, která prokazatelně rozvíjí a obohacuje obor filosofie. Doktorský program však nemá formovat pouze úzce zaměřené specialisty; jakkoli vede k hlubším znalostem v oboru, jde rovněž o rozšiřování celkové myšlenkové orientace.
Východiskem doktorského studia je badatelský projekt, který uchazeč konzultuje s budoucím školitem. Projekt obsahuje jasně formulované téma disertační práce, metodologii jeho zpracování a základní literaturu. Vodítkem doktorského studia je individuální studijní plán, v němž jsou stanoveny jednotlivé kroky studia. Komunikační bází doktorského programu je od počátku intenzivní spolupráce doktoranda se školitelem. Kromě vyučujících katedry filosofie se jako školitelé nabízejí především badatelé z Filosofického ústavu Akademie věd ČR.